中山大学附属第三医院近年来先后荣获国家爱婴医院、广东省文明医院、全国医院文化建设先进单位、全国卫生系统先进集体、全国教育系统抗震救灾优秀集体等一系列荣誉称号。

医院技术力量雄厚，人才济济，拥有在职员工4317人，其中专业技术人员3603人，高级职称人员518人。医院目前拥有天河院区、萝岗院区(岭南医院)、粤东院区、肇庆院区(筹建中)四个院区。天河院区与萝岗院区位于广州。天河院区开放床位1800余张，日均门急诊量超过12000人次;萝岗院区规划床位数1500张，目前一期开放床位600余张，日均门急诊量超过3100人次;位于梅州的粤东院区规划床位数1500张，现开放床位700余张;位于肇庆的肇庆院区预计于2019年投入运营，规划床位数1500张。

医院学科门类齐全，专科特色明显。医院拥有普通外科、内分泌科、神经内科、肾病内科、耳鼻咽喉科等5个国家级重点学科，内分泌科、普通外科、泌尿外科、中医肝病科、感染病科、风湿免疫科、临床护理等7个国家临床重点专科建设项目，以及血液内科、神经外科、骨科、神经内科、急诊科、检验科、耳鼻喉科、产科、麻醉科、康复科、病理科、口腔科、皮肤科、肾内科、儿科、消化内科、医学影像科、感染性疾病科、临床护理、呼吸内科、普通外科、泌尿外科、中医肝病科、风湿免疫科、内分泌科等25个广东省临床重点专科。

肝脏病学科是医院的龙头学科，目前已形成包含肝脏内科、肝脏外科、重症监护、麻醉科、肝脏影像与介入治疗、肝病实验室等多学科综合诊疗和临床科研的强势学科群，在重型肝炎救治、肝癌早期诊断、肝癌微创治疗、成人活体肝移植、儿童劈离式肝移植、器官移植麻醉、肝移植围手术期影像评估等急难重症中的诊治水平全国领先。涵盖儿童行为发育科、心理科、脊柱外科、神经内科、神经外科、康复科等的脑病学科是医院快速崛起的特色学科群，儿童自闭症、抑郁症、精神分裂症、脊柱外科微创治疗、神经免疫性疾病、吞咽及认知功能康复等在广东省乃至华南地区享有盛誉，其中儿童自闭症已成为国内翘楚。内分泌科、风湿科、泌尿外科、超声科等优势学科积极探索医疗新技术，在糖尿病防治、强直性脊柱炎精准诊疗、前列腺癌微创治疗、肿瘤消融治疗等方面达到国内先进水平。医院注重发展医学前沿技术，生物治疗中心成为国内第一批获批开展干细胞临床研究基地，在多项干细胞临床治疗中均取得重要突破。